Osada wzmiankowana w 1615 r. jako wieś, powstała przypuszczalnie w początkach XVII w. u podnóża zamku w Stężnicy będącego własnością Mikołaja lub Piotra herbu Gozdawa, syna Matjasza III, albo jego ojca Matjasza Bala z Hoczwi, którzy wznieśli w tym miejscu zamek oraz kaplicę ok. roku 1510. W roku 1511 Piotr Herburt dziadek poety Mikołaja Reja, przeprowadził rozgraniczenie swoich dóbr pomiędzy wsiami Mchawą i Stężnica należącą do Mikołaja Bala. W 1604 r. odnotowano pierwszych żydowskich mieszkańców. W miejscu rozgraniczenia powstała na nowo wieś i miasto Baligród. Wydany w 1634 przez króla Władysława IV dokument potwierdzał, iż miasto założone było na prawie magdeburskim, cieszyło się z prawa składu win oraz miało dwa jarmarki. W 1765 r. w Baligrodzie mieszkało 144 Żydów. Miasto pozostawało we władaniu rodu Balów do 1770 r.
Mieszkańcy miasta aktywnie zasilali powstanie styczniowe w 1863 r. Np. Jan Feliks Biliński (ur. 1851 r.) w wieku 12 lat został jednym z najmłodszych powstańców styczniowych, Ludwik Riedl jako uczestnik powstania styczniowego z roku 1863, pojmany przez Rosjan, został zesłany na Syberię.